桥本甲状腺炎起病隐匿，发展缓慢且病程较长。早期可无症状，当出现甲状腺肿时，平均病程达2-4年。最常见症状为全身乏力、咽喉部不适感、10-20%有局部压迫感、甲状腺区隐痛，偶尔有轻压痛，甲状腺多为双侧对称性弥漫性肿大，也可单侧性肿大，但很少压迫颈部。

甲状腺对称但逐渐增大，随着病情进展，大部分患者出现甲状腺功能减退 (甲减) 的临床表现。部分患者表现为甲状腺毒症 (如心悸、手抖、食欲旺盛、消瘦等) 或甲状腺毒症与甲减交替。HT 在病程中有甲状腺功能亢进症的表现称为桥本甲亢。桥本氏甲状腺炎还可与 Graves 病并存。局部表现有甲状腺呈无痛性、弥漫肿大，峡部肿大明显。质韧，表面不规则，可呈结节状。约 10% 患者有甲状腺萎缩。