结肠镜检查并活检是溃疡性结肠炎诊断的主要依据。结肠病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布，表现为黏膜血管纹理混乱、增粗、模糊或消失，充血，水肿，至脆。

自发性或接触性出血和脓性分泌物的附着，也可以看到粘膜粗糙呈细颗粒状，病变处可以见弥漫性多发性糜烂和溃疡，缓解期，可见结肠袋变浅、变钝或消失以及假息肉粘膜桥形成等等。