Graves病的主要致病抗体是TRAb，因为TRAb结合TSHR，和TSH结合TSHR所产生的效应类似，可以刺激甲状腺细胞增生，甲状腺激素的合成和分泌增加。

桥本氏甲状腺炎主要的致病抗体是TPOAb和TGAb，它们具有固定补体和细胞毒作用，且TG是滤泡胶质的主要成分，TPO是参与甲状腺激素合成的一种蛋白质。

两者抗体所产生的效应不同，前者是让细胞增大，功能亢进，激素主动分泌增多。后者是让细胞被破坏，激素合成过程破坏，有可能导致一过性破坏性甲亢，但大多还是以甲减为主。